在第一集《金刚狼》结尾，金刚狼被击中头部失去记忆，《金刚狼2》以此为故事开端，失去记忆的金刚狼被矢志田家族头领派来的女保镖带到日本，这位忍者组织的老大信玄曾经被金刚狼拯救过，为了报恩，他一心想让金刚狼回复成一个有血有肉的平凡人。但这趟日本之行并不顺利，金刚狼被卷入了忍者组织的继位之争，失去超级自愈能力的他得面对一场接一场的恶战。

    信玄有两个孩子，女儿真理子和金刚狼一见钟情，而儿子则是被称作“银武士”的高手。由于银武士是家族私生子，因此他无法成为组织的正式接班人。年迈的信玄准备选出下一任领袖，但他并不希望自己的儿子来接手，相反他有意将大权交给金刚狼。忍者组织为金刚狼委派了一名叫做雪绪的贴身女保镖，尽管身为信玄的手下，但雪绪还是爱上了金刚狼。不过金刚狼真正心仪的却是信玄的女儿真理子。此时真理子在信玄的安排下，要作为筹码嫁给司法部长。以此事为导火索，多方势力齐聚东京，大战即将爆发……